Mengawetkan benih kedelai itu gampang-gampang susah. Sejak awal panen perlu ada perlakuan khusus agar saat akan ditanam tidak dalam kondisi dorman atau tidak bisa tumbuh. Panen hendaknya dilakukan pada saat mutu benih menpai maksimal yang ditandai  bila sekitar 95% polong tel berwarna coklat atau kehitaman (warna polong masak) dan sebagian daun sudah luruh atau rontok. Panen dilakukan dengan cara memotong kedelai yang masak bukan dicabut. Berkas atau brangkasan kedelai langsung dijemur selama 2-3 hari hingga mencapai kadar 15%.

Berkas atau brangkasan kedelai yang telah kering segera dirontokan secara manual atau menggunakan mesin threser/perontok. Penggunaan mesin threser harus berhati-hati dengan kecepatan untuk menghindari pecahnya butir kedelai. Benih hasil perontokan harus dibersihkan dari benda lain selain benih itu sendiri, seperti potongan cabang, tanah, kulit dan kotoran yang lain. Proses ini dapat dilakukan secara manual dengan ayakan berukuran 0,4 cm atau dengan mesin blower. Pengguna ayakan dimaksudkan juga untuk menyeragamkan ukuran benih.

Benih yang telah bersih dan memiliki ukuran yang seragam segera dikeringkan lagi hingga mencapai kadar air 9-10%. Pengeringan dilakukan di bawah sinar matahari pukul 8-12 siang, menggunakan alas terpal dengan ketebalan 3-4 lapis benih. Setiap setengah jam dilakukan pembalikan tergantung panas matahari penjemuran bisa dilakukan hingga 2-3 hari berturut-turut. Setelah benih mendingin, baru dikemas ke dalam karung atau kantong.

Setelah itu benih dikemas dengan plastik yang kedap udara dan kantong. Lalu kemasan dibuat sesuai dengan permintaan pasar dan diberi identitas. Benih yang telah dikemas  dapat disimpan pada ruangan yang beralas kayu atau palet. Dalam penyimpanan dihindarkan dari hama seperti tikus yang bisa merusak kemasan dan benih.